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Abrió sus puertas en la pequeña reserva ecológica del Zapotal, al oriente de la ciudad de Tuxtla Gutiérrez en Chiapas. A este zoológico se le conoce como la Casa Nocturna, por ser el único que exhibe animales nocturnos.

El ZooMAT pertenece al departamento de zoología del Instituto de Historia Natural (IHN), institución creada en 1942 y dirigida por el zoólogo y conservacionista Miguel Álvarez del Toro desde 1944, quien llegó a Chiapas a los 22 años atraído por la exuberancia de las selvas tropicales. Don Mat, como le decían, diseñó y coordinó la construcción del nuevo zoológico regional entre 1979 y 1980, ya que el anterior se encontraba ubicado casi en la zona centro de la ciudad. Por decreto del gobierno estatal y en honor a don Miguel, el zoológico ahora se conoce como ZooMAT y se considera como uno de los mejores de Latinoamérica por lo original de su diseño.